Un animal sano vive en armonía con muchos microorganismos que se establecen en su cuerpo. Los microorganismos que suelen vivir en un lugar específico del cuerpo se denominan flora residente (o microbiota). La flora residente en cada sitio incluye varios o, incluso, cientos de tipos diferentes de microorganismos. Los factores ambientales, como la dieta o las condiciones sanitarias, influyen en los microorganismos que componen la flora residente de un animal. La flora residente es beneficiosa y, a menudo, protege al organismo contra otros organismos que pueden causar enfermedades. En condiciones normales, si se altera la flora residente, esta se restablece rápidamente.
Bajo ciertas condiciones, los microorganismos que forman parte de la flora residente de un animal pueden causar enfermedades. Estas afecciones incluyen el uso de antibióticos o un sistema inmunitario debilitado. Cuando los antibióticos, utilizados para tratar una infección, matan una gran proporción de la flora residente de la piel o del intestino, otras bacterias u hongos pueden multiplicarse sin ser controlados.
