Muchas enfermedades, fármacos y otros tratamientos pueden provocar la degradación de las defensas naturales del cuerpo. Esta degradación puede dar lugar a infecciones, incluso por microorganismos que suelen vivir inofensivamente dentro del cuerpo o sobre él. Por ejemplo, el riesgo de infección aumenta mucho en animales con quemaduras extensas, ya que la piel lesionada no puede prevenir la invasión de microorganismos dañinos. Algunos fármacos, como los anticancerosos utilizados en la quimioterapia, pueden suprimir el sistema inmunitario. Los tratamientos con radiación también pueden suprimir el sistema inmunitario.
La capacidad para combatir ciertas infecciones disminuye drásticamente en animales con trastornos inmunitarios. Estos animales corren un riesgo especial de contraer infecciones oportunistas (infecciones por microorganismos que no suelen causar infección en animales con un sistema inmunitario sano). También enferman más gravemente por muchas infecciones comunes. Los animales de mayor edad también son más sensibles a las infecciones, ya que el envejecimiento disminuye la eficacia del sistema inmunitario.