Varios pasos ayudan a proteger a los animales frente a las infecciones. En ocasiones, se administran antibióticos para prevenir el desarrollo de una infección. Esta medida preventiva se denomina profilaxis. Muchos animales sanos que se someten a ciertos tipos de cirugía, como la cirugía intestinal, reciben antibióticos profilácticos en el momento de la intervención.
La vacunación también puede prevenir las infecciones. Cuando se administra una vacuna, se estimula el sistema inmunitario de modo que, si el animal se expone más tarde al agente infeccioso, su organismo tendrá una mayor capacidad para combatir las bacterias o virus específicos que causan la enfermedad. En muchas especies animales, se necesitan vacunas frente a ciertas enfermedades (como la rabia). Las vacunas disponibles en la actualidad son muy confiables y la mayoría de los animales las toleran bien.
