Um animal saudável vive em harmonia com muitos microrganismos que se estabelecem sobre ou dentro do corpo. Os microrganismos que normalmente vivem sobre ou dentro de um determinado local do corpo são chamados de flora habitual (ou microbiota). A flora habitual de cada local compreende vários, ou até mesmo várias centenas de tipos diferentes de microrganismos. Fatores ambientais, como a dieta ou condições sanitárias, exercem influência sobre os microrganismos que constituem a flora habitual de um animal. A flora habitual é benéfica, frequentemente protegendo o corpo contra outros organismos que podem causar doença. Em condições normais, se a flora habitual for prejudicada, ela rapidamente se reestabelece.
Em determinadas condições, os microrganismos que fazem parte da flora habitual de um animal podem provocar doenças. Essas condições incluem o uso de antibióticos e um sistema imunológico debilitado. Quando os antibióticos usados para tratar uma infecção exterminam uma grande parte da flora habitual da pele ou do intestino, outras bactérias ou fungos podem se multiplicar excessivamente.
