Diversas medidas ajudam a proteger os animais contra infecção. Em alguns casos, antibióticos podem ser administrados para evitar o desenvolvimento de uma infecção. Essa medida preventiva é denominada profilaxia. Muitos animais saudáveis submetidos a determinados tipos de cirurgia, como cirurgias intestinais, recebem antibióticos profiláticos no momento da cirurgia.
A vacinação também pode prevenir infecções. Quando uma vacina é aplicada, o sistema imunológico é preparado de forma que o corpo tenha uma capacidade maior de combater as bactérias ou vírus causadores da doença específica, caso o animal seja posteriormente exposto ao agente infeccioso. Em muitas espécies de animais, vacinações contra determinadas doenças (como a raiva) são obrigatórias. As vacinas disponíveis hoje em dia são altamente confiáveis e bem-toleradas pela maioria dos animais.
